Hola Ventolín!
Pues efectivamente todas las convocatorias y número de matrículas empezarían a contar desde 0 ya que se puede decir "que es otra carrera". Asimismo los CLEs y Optativas no serviraán de nada si no existen en el nuevo plan (Drogodependencias, Neuroanatomía, etc) pero quedan reflejadas como que se cursaron, vamos que para rellenar curriculum.
En cuanto a la matriculación se pueden coger hasta 72 créditos por año de aquellas asignaturas de las que hayan ya docencia (recordemos que el próximo año ya se instaura 3º) y siempre se deben de hacer de manera escalonada, es decir, debes de coger todo lo que te quede de 1º para coger una de 2º, todo lo que te quede de 2º para 3º y así sucesivamente.
Recuerda que hay asignaturas que cambian de año y que si este año te quedase algo de primero suspenso te verías forzada a adaptarte al nuevo plan.