Las diferencias las tienes en la direccion del BOE, aunque el documento es muy largo, pero ahi lo tienes TODO.
Los dos ciclos dependen de Quimicas, (el grado medio es donde se preparan y realizan los ensayos etc y en el superior, el tecnico elabora preparados como jabones etc.) mientras que tecnico en farmacia pertenece a ciencias de la salud y estas en contacto con el publico si decides trabajar en una oficina de farmacia.
Con respecto a las salidas profesionales, tambien te viene en el BOE.
Lo de elegir uno u otro, depende de lo que te guste y a lo que aspires. Los sueldos, me imagino que estaran a la par, quiza se gane un poco mas en T.F., por las guardias, nocturnidades etc.
Saludos.