La diferencia es que auxiliar puede serlo cualquiera (o eso es lo que creo yo), es decir, que se basa en adquirir experiencia a base de trabajar en una farmacia; y el técnico tiene un módulo de grado medio (había escuchado algo de que lo iban a hacer de grado superior, pero no sé si ya lo habrán hecho) y está más preparado porque ha tenido una formación de 2 años relacionada con farmacia. Además, el sueldo del técnico es superior al del auxiliar, evidentemente.