Hola Anamara,

Primeramente desearte una rápida recuperación y a la vez darte ánimos y paciencia ya que esto tipos de embarazos (éctopicos quizás) hay que tomárselos con mucha calma y cuando digo calma es en reposo "cuasi" absoluto.

Respondiendo a tu pregunta (perdón por la tardanza), depende de cada Comunidad Autónoma pero como ejemplo mira este convenio de Murcia (CFRM):

INCAPACIDAD TEMPORAL (BAJA LABORAL):
En esta situación se acrecienta la diferencia de prestación entre los Autónomos y las personas incluidas en el Régimen General, haciéndose muy necesario para los Autónomos recurrir a la cobertura de una Mutua.

Así pues, tanto en el Régimen General como en el de Autónomos las prestaciones serán:

Por Contingencias Comunes:
Durante los tres primeros días : 0 Euros.
Del cuarto al vigésimo día : el 60% de la Base Reguladora.
En adelante : 75% de la Base reguladora.

PD: Es antiguo este convenio mañana en el trabajo o quizas al medio dia te lo pueda actulizar. Bs y animo!
PD2: un poco offtopic a alguien le interesa un piso para compartir con un técnico en redes y un boticario en Murcia? xD Nos falta un@